Biržulio ežeras nuo seno savo našumu traukė žmonių dėmesį. Iki šiol išliko daug įdomių teiginių apie šių vandenų žuvingumą. Senieji šių vietų gyventojai, žvejai pasakoja kone fantastiškas istorijas apie Biržulio žuvingumą, ežero paukščių gausumą. Anot jų, anksčiau ežeras tiesiog viręs nuo žuvų gausos ir vadintas ne Biržuliu, o Viržuviu, nuo ko kilęs ir senasis šiauriniam ežero duburio pakraštyje įsikūrusio miestelio – Janapolės pavadinimas – Viržuvėnai.
 

Varniams augant kaip Žemaitijos ekonominio gyvenimo ir bažnytinės administracijos centrui, dar XVII a. buvo labai iškirti miškai, ištiesinti kai kurie upeliai, kiti patvenkti statant malūnus ir kitas vietines dirbtuves. Statant katedrą Varniuose, buvo tiesinta Varnelės upė.
 

Apie 1898–1900 m. iš Stervo ežero į Biržulį buvo iškastas kanalas, kuris galėjo turėti įtakos Stervo ežero vandens režimui. Kanalas buvo iškastas siekiant nukreipti Govijaus upeliu tarp Stervo ir Biržulio migruojančių žuvų srautą. Taigi, jau tuo metu pasireiškė pirmieji žmogaus veikos įtakos požymiai šiems gamtiniu požiūriu vertingiems ežerams.
 

1904 m. Chmelevskiui vykdant pirmuosius ežerų tyrinėjimus Biržulis buvo minimas kaip itin žuvingas ežeras, kuriame gausu ūdrų ir labai daug paukščių. Kartu paminima ir labai "plėšri" žvejyba.

1930-1934 m. reguliuota Rešketa, gilinta Virvytė. Tai pažemino Biržulio vandens lygį 25 cm, o 1934 - 85 cm. 1934 m. žiemą atlikus ežero gylio matavimus didžiausias ežero gylis buvo 4,5 m, o vidutinis - 1,24 m. Jau tada ežeras apytikriai sumažėjo nuo 754 ha iki 720 ha (vandens altutudė - 151 m), pakrantėse pradėjo formuotis nauji sąžalynai.

Penktasis praeito amžiaus dešimtmetis Biržulio istorijoje pagrįstai vadinamas „Didžiąja Biržulio klaida“. Tuomet dar pagilinus Virvytės vagą, ežerą sumanyta visai nuleisti siekiant pritaikyti teritoriją žemės ūkio poreikiams. 1955 m. vanduo nuleistas iki 149,35 m virš jūros lygio. Šiaurinėje dalyje ežero plotas nuo sumažėjo iki kelių hektarų, o iš viso Biržulio liko tik 160 ha. Stervo ežeras liko 135 ha ploto su altitude 152,5 m, t.y. 2,5 m aukščiau Biržulio. Pertvarkymams prieštaravo Mokslų Akademija, žvejybos verslovė, tačiau nenuleistą išsaugoti pavyko tik Stervo ež.

1966-68 m. suvokus, kad užsibrėžto tikslo pavykti nesiseka, Biržulio visiško nusausinimo projektinė užduotis pakeičiama. Biržulio apylinkėse atliekami detalūs hidrogeologiniai tyrimai. Išaiškinamos visos jėgos, palaikančios ežero gyvybės pulsavimą. Priimamas sprendimas nusausinti šiaurinę ežero dalį, pažeminant gruntinio vandens lygį joje. Vandens lygį pietinėje ežero dalyje buvo nutarta šliuzo-reguliatoriaus pagalba šiek tiek pakelti. Susidarė 122 ha telkinys, kurio vidutinis gylis 0,7 m, o didžiausias - 2,4 m. 1998 m. šliuzas-reguliatorius pertvarkomas į slenkstį, palaikantį ežero vandens lygį ties 150,35 m altitude. Šis iš dalies žiūrint kiek nuosaikesnis Biržulio pietinės dalies atžvilgiu sprendimas tapo Biržulio galutinės ir lėtos mirties nuosprendžiu. Žmogus, nepajėgęs įveikti Biržulio, pasmerkė jį sparčiam užpelkėjimui.

1960 m. dalis Biržulio duburio paskelbta ornitologiniu draustiniu, o 1973 m. jo plotas išplečiamas. Tačiau smarkiai pažeistame, sekliame ir beveik užaugusiame plūduriuojančiais nendrynais ežere sparčiai kaupiasi organinė medžiaga, ežeras dumbėja, prastėja vandens kokybė, mažėja žuvų populiacijos ir pamažu nelieka vietos čia saugomoms vandens paukščių rūšims.

Be ežerų nukentėjo ir gretimos pelkės. XX a. viduryje vykdyta durpyno eksploatacija Degėsių aukštapelkėje esančioje į vakarus nuo Stervo ežero. Čia 66 ha teritorijoje buvo įrengti sausinimo grioviai ir 10-13 m pločio ir 0,5-1 m gylio ruožais nukastas paviršinis durpės sluoksnis. Vėliau durpynas buvo apleistas ir per kelis dešimtmečius dalyje teritorijos hidrologės sąlygos iš dalies atsikūrė, tačiau pagrindiniai sausinimo grioviai vakarinėje ir šiaurės vakarinėje dalyse tebeveikia neleisdami atsikurti durpėdaros procesams, kurių metu absorbuojamos šiltnamio efektą sukeliančios dujos, formuojasi svarbios gamtinės buveinės.